Nicolas Garcelon, PhD

Nicolas Garcelon est ingénieur en agronomie (2000) et titulaire d’un doctorat en informatique médicale et santé publique (2017). Depuis 2012, il dirige la plateforme de science des données de l’Institut Imagine. Ses recherches portent sur l’informatique médicale et l’intelligence artificielle appliquées aux maladies rares. Il a développé Dr. Warehouse®, un entrepôt de données hospitalières permettant aux médecins de visualiser, explorer et analyser les données des patients de manière intuitive et efficace. En 2017, il a cofondé la startup codoc.

Accélérer la réutilisation des données hospitalières du monde réel pour un système de santé apprenant.

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Plateforme de Science des Données

L’équipe « Data Science » a été créée à l’Institut Imagine en 2012 et a été labellisée plateforme de science des données en 2017. Composée de quatre ingénieurs en informatique, la plateforme développe des méthodes pour accélérer la recherche translationnelle entre les médecins et les chercheurs, ainsi qu’entre l’hôpital et l’institut. Nous concevons des logiciels permettant le stockage et l’analyse des données phénotypiques des patients.

Main publications:

• Next generation phenotyping for diagnosis and phenotype-genotype correlations in Kabuki syndrome, Scientific Report, 2024.
• The Smart Data Extractor, a Clinician Friendly Solution to Accelerate and Improve the Data Collection During Clinical Trials, Studies in Health Technology and Informatics, 2023.
• An automatic facial landmarking for children with rare diseases, American Journal of Medical Genetics, 2023.
• Using Deep Learning to Improve Phenotyping from Clinical Reports, Studies in Health Technology Informatics, 2022.
• A Multi-Omics Common Data Model for Primary Immunodeficiencies, Studies in Health Technology Informatics, 2022.
• Next generation phenotyping using narrative reports in a rare disease clinical data warehouse, Orphanet Journal of Rare Diseases, 2018.
• Finding patients using similarity measures in a rare diseases-oriented clinical data warehouse: Dr. Warehouse and the needle in the needle stack. Journal of Biomedical Informatics, 2017.